三宝院拥有两处玄关，作为醍醐寺历代住持居住的僧坊，被日本政府指定为“重要文化财”。由小玄关进入的小居室被称为“竹之间”，由大玄关进入的大居室则被称为“富岳之间”。富岳之间的隔壁是等候室，名为“日、月、海之间”。

各居室内皆有屏风装饰，绘以竹、樱、时令风景、富士山等景致。“日、月、海之间”的画作绘于1997年，出自现代风景画家滨田泰介（1932-）的手笔，用以纪念1998年三宝院庭园筑庭400周年。醍醐寺所收藏的画作展现出寺院多彩的历史与权力，尤以三宝院10世纪创建以来的作品最为显著。