三寶院擁有兩處玄關，作為醍醐寺歷代住持居住的僧坊，被日本政府指定為「重要文化財」。由小玄關進入的小居室稱之為「竹之間」，由大玄關進入的大居室則稱「富嶽之間」。富嶽之間的隔壁是等候室，名為「日、月、海之間」。

各居室內皆飾有屏風，描繪竹、櫻、時令風景、富士山等景致。「日、月、海之間」的畫作繪於1997年，出自現代風景畫家濱田泰介（1932-）的手筆，用以紀念1998年三寶院庭園築庭400週年。醍醐寺所收藏的畫作展現出寺院多彩的歷史與權力，尤以三寶院10世紀創建以來的作品最為顯著。